Университет представляет собой единый учебно-методический комплекс, включающий в себя систему довузовской, вузовской и послевузовской подготовки.
Довузовская подготовка
Система довузовской подготовки включает общеобразовательный лицей, школу-пансион “Дарын”, экологический класс, учебно-подготовительный отдел, отдел с курсами для казахской диаспоры. Лицей и школа “ Дарын” являются экспериментальной базой для кафедр университета. Здесь апробируются новые технологии и методы обучения.
На учебно-подготовительном отделении университета обучаются представители казахской диаспоры из Монголии, Китая, России. Пройдя подготовку, они успешно поступают в университеты Казахстана. Работа подготовительного отделения дает возможность молодежи казахской диаспоры ближнего и дальнего зарубежья получить образование на родном языке.
Вузовская подготовка
В настоящее время на девяти факультетах университета - естественно-географическом, информационных технологий, историко-филологическом, машиностроительном, музыкально-педагогическом, транспортно-строительном, физической культуры, экономическом, юридическом обучается около 10 тысяч студентов, подготовка ведется по 85 специальностям. Учебную работу в университете ведут 29 кафедр.
Профессорско-преподавательский состав с учеными степенями и званиями составляет 146 чел. Из них 30 докторов наук и профессоров, 116 кандидатов наук.
Вузом ведется постоянная работа по совершенствованию учебного процесса - его информатизации, компьютеризации, структуризации.
Внедряется многоуровневая система обучения, разработаны схемы ротации студентов со средними специальными учебными заведениями, введены компьютерное тестирование, рубежный контроль, рейтинговая система аттестации студентов и преподавателей.
Магистерская подготовка ведется по 11 специальностям – Химия, Биология, Экономика, Журналистика, Филология (иностранная, казахская, русская), Лингвистика, Менеджмент, Биотехнология, Информационные системы (по отраслям применения), Стандартизация, сертификация и метрология, Машиностроительные технологии и оборудование.
Послевузовская подготовка
В вузе функционирует аспирантура по 11 специальностям: 03.00.13 - физиология человека и животных и 13.00.01 - теория и история педагогики, 02.00.06 - химия ВМС, 02.00.03 Органическая химия, 10.02.01 - русский язык, 05.13.07 - автоматизация технологических процессов и производств, 07.00.06 - археология и 09.00.13 - философия религии, 03.00.15 – генетика, 25.00.07 – гидрогеология, 08.00 Экономика и управление, 13.00.01 Общая педагогика, 13.00.02 Теория и методика обучения
Открыты ученые советы по защите кандидатских диссертаций по химическим и филологическим специальностям.
Одним из важнейших направлений работы СКГУ является создание системы переподготовки и повышения квалификации для профессорско-преподавательского состава и специалистов разного профиля региона. При СКГУ открыт многопрофильный Институт переподготовки повышения квалификации, ставший привлекательным для практических работников самых разных отраслей промышленности, сельского хозяйства, бизнеса, государственной службы, образования и культуры. Учитывая растущую потребность в переподготовке кадров, СКГУ принимает меры по расширению специализированных форм обучения и совершенствованию обучающих программ. Возможности ИППК значительно возрастают по мере создания Региональной информационно-образовательной сети дистанционного обучения, позволяющей включить в систему переподготовки и повышения квалификации группы лиц, желающих обучаться без отрыва от основного места работы, охватить отдалённые районы.